Damit die Lagerbestände der einzelnen Filialen getrennt vom Onlineshop verwaltet werden können, solltest du für jede Filiale ein entsprechendes Lager mit eigenem Lagerbestand anlegen. Gehe dazu im Shopware Backend unter Artikel → Lager → Lagerverwaltung auf Neues Lager erstellen. Weitere Informationen zum Anlegen von Lagern findest du in diesem Beitrag.
Für jede Filiale und das zugehörige Lager kannst du über das entsprechende Häkchen im Fenster Lager erstellen bzw. nachträglich in Lager bearbeiten festlegen, ob der Warenbestand dieser Filiale im Onlineshop zur Verfügung stehen soll oder nicht.